Nel 1048 alcuni commercianti amalfitani ottennero dal califfo d'Egitto l'autorizzazione a edificare una chiesa di rito latino dedicata alla Vergine, chiamata poi Santa Maria Latina. Presso la chiesa fu poi costruito un monastero gestito dai Benedettini di Montecassino, con annesso un ospedale dedicato a San Giovanni Battista, che divenne un punto di raccolta dei pellegrini.

I servizi venivano prestati da monaci che portavano la croce a otto punte di Amalfi. Nel 1060 Gerusalemme cadde in mano ai Turchi e papa Urbano II indisse la Prima Crociata, guidata da Goffredo di Buglione, duca di Lorena, durante la quale (1085) venne fondato dai monaci l'Ordine dei Cavalieri di San Giovanni. I Cavalieri nacquero con un intento medico-assistenziale per diventare poi paladini, difensori della cristianità.

Riconquistata Gerusalemme nel 1099 i Cavalieri curarono i crociati feriti nell'Ospedale di San Giovanni, il cui rettore era allora Gerardo di Thom, un provenzale. Il re Baldovino I di Gerusalemme, fratello di Goffredo, donò ai Cavalieri, nel 1104, dei possedimenti terrieri e li gratificò di vari privilegi.

Nel 1113 il papa Pasquale II riconobbe la costituzione dell'Ordine dei Cavalieri Ospitalieri e decise che il successore di Gerardo venisse eletto da coloro che decidevano di restare al servizio dell'istituzione. L'Ordine, riorganizzato nel 1137 da Raymond de Puy, era diviso in tre ranghi: i Cavalieri di giustizia, nobili cattolici impegnati sia in battaglia che nell'assistenza; i Cappellani Conventuali, nobili anch'essi, curatori d'anime e i Serventi d'armi, appartenenti a famiglie rispettabili, semplici soldati infermieri. Il loro capo, il Gran Maestro, era eletto a vita ed era sottoposto solo al giudizio del Papa. Al momento dell'investitura i Cavalieri dovevano pronunciare i voti di povertà, obbedienza e castità anche se molti, per garantire la progenie, chiedevano di essere sollevati da quest'ultimo impegno. Nel convento vivevano otto langues, vale a dire i Cavalieri rappresentanti otto diversi paesi: Provenza, Alvernia, Francia, Italia, Aragona, Germania, Castiglia e Leon, Inghilterra. Ogni Cavaliere donava quattro quinti dei suoi possedimenti all'Ordine; queste terre, chiamate commanderie, erano sparse un po' ovunque in Europa e con il passare dei secoli divennero sempre più numerose.

Nel 1187 Saladino conquistò Gerusalemme e l'Ordine si rifugiò a San Giovanni d'Acri, da dove venne scacciato dai Turchi nel 1291. Dopo un breve soggiorno a Limassol, a Cipro, gli Ospitalieri si stabilirono nel 1309 a Rodi. Vi restarono per più di 200 anni.

Tra le tante battaglie che i Cavalieri dovettero combattere, ricordiamo l'assedio dei Turchi del 1480, eroicamente respinto sotto la guida di frater Petrus d'Aubusson, Magister Hospitalis Jerusalem.

Caduta Rodi nelle mani dei Turchi nel 1522, Carlo V pensò di cedere Malta ai Cavalieri: l'investitura fu solennemente sancita con il "diploma imperiale" del 1530. Durante i primi 25 anni di permanenza, i Cavalieri fortificarono Birgu (Vittoriosa) e forte Sant’Angelo.

Intanto la posizione dei Turchi nel Mediterraneo si rafforzò sempre più, tanto che nel 1551 Mustafà Pascià, coadiuvato dal celebre corsaro Dragut Rais, sbarcò nel porto di Marsamxett, anche se venne scacciato dai 400 uomini di Sir Thomas Upton. I Turchi si accanirono allora sulla disarmata Gozo, riducendo in schiavitù circa 5000 persone e spopolando in pratica l'isola. A questo raid seguì nello stesso anno la conquista di Tripoli.

Nel 1552 i Cavalieri costruirono un forte a stella, Sant’Elmo, sull'estrema punta della penisola Sceberras, dove anni dopo sorgerà la capitale Valletta, e un altro forte, St. Michael, sulla penisola disabitata chiamata L'Isla, dove verrà costruita in seguito una città fortificata con il nome di Senglea, in onore del Gran Maestro Claude de la Sengle (1553-1557).

La presenza ottomana nel Mediterraneo si fece sempre più inquietante: Solimano il Magnifico si stava preparando a sferrare un pesante attacco contro la roccaforte della cristianità, mentre i suoi corsari a Tripoli e ad Algeri stavano allestendo una potente flotta. Così Jean Parisot de la Vallette (1557-1568), succeduto a de la Sengle, si preparò a resistere facendo evacuare vecchi, infermi e bambini.

Nel 1560 il re di Spagna Filippo II riunì forze italiane, spagnole, tedesche, a Genova e Napoli, formando un'armata di 53 galee (secondo altre versioni 80 navi) e 12.000 uomini al comando il duca di Medina Celi. La flotta rimase sei settimane a Malta, dove fu funestata da epidemie ed ammutinamenti. Il Medina ritenne opportuno fortificarsi nell'isola di Gerba, in attesa di rinforzi dalla Sicilia. La flotta ottomana sorprese i cristiani con un viaggio di soli venti giorni da Istanbul a Gerba, dove giunsero il 20 di maggio. Avvenne allora lo scontro, passato alla storia come Battaglia di Gerba. L'armata cristiana si sbandò, gli equipaggi vennero presi da panico, saltarono sulle scialuppe senza che i capi potessero trattenerli. L'ammiraglio turco Piale Pascià affondò 20 galee, 27 navi da carico, migliaia di soldati annegarono o furono uccisi dai Turchi. Flaminio Orsini si sacrificò per far fuggire ai suoi: caduto prigioniero di Piale, gli venne mozzata la testa. Rimasero 2.000 uomini rifugiati nella neo-costruita fortezza a Gerba, circondati da 14.000 Turchi che la bombardarono senza sosta. I Turchi, infine, si impadronirono dei pozzi che alimentavano la fortezza, ed essa capitolò [http://it.wikipedia.org/]. Nella battaglia navale si distinse Tommeo Cassia (pdf), salvando 15 galee dalla disfatta (cfr: G.A. Vassallo, "Storia di Malta", cap. XIV, pagg.458)

Dal maggio 1565 Malta fu sottoposta all'assedio di 181 navi ottomane guidate dall'ammiraglio Piali: il 19 maggio l'esercito di Mustafà Pascià sbarcò a Marsaxlokk ed ebbe inizio il Grande Assedio, che durò fino a settembre. Il 22 maggio i Turchi si apprestarono a sferrare l'attacco contro St. Elmo che venne investito da un violento bombardamento. Il forte resistette per 31 giorni, ma il 23 giugno cadde e i superstiti vennero massacrati. Quella che si presentava come una lotta impari (40.000 Turchi contro 9000 Cavalieri), descritta dai cronisti dell'epoca come la lotta tra il bene e il male, vide la vittoria dei paladini cristiani.

Dopo quattro mesi infatti i Turchi si ritirarono. Le perdite, da entrambe le parti, furono ingenti (30.000 Turchi e 7000 soldati dell'Ordine). Dopo il Grande Assedio, Birgu cambiò il suo nome in Vittoriosa.

Al Gran Maestro Jean Parisot de la Vallette, morto nel 1568, successe Del Monte (1568-1572), che nel 1571 inaugurò la nuova capitale, Valletta, sullo schema delle città fortificate europee. Le grandi potenze europee, colpite dal coraggio dei maltesi durante l'assedio, misero a disposizione enormi ricchezze per trasformare Malta in un baluardo contro l'Oriente.

Così Vittoriosa, Senglea e Cospicua vennero ricostruite e si edificarono dappertutto forti e torri d'avvistamento. Il Gran Maestro de la Cassière (1572-1581), preoccupato per il decadimento dei costumi dei giovani Cavalieri che avevano ripopolato l'Ordine, si rivolse al papa, che inviò allora a Malta la Santa Inquisizione (rimarrà sull'isola fino al 1798).

Il sec. XVII fu un periodo di relativa pace politica, ma l'isola venne scossa da due fenomeni che portarono morti e distruzioni: la peste (che provocò 10.000 morti) nel 1675 e il terremoto, che distrusse buona parte di Malta e Gozo nel 1693. Seguirono 32 anni di regno assolutistico di Emmanuel Finto de Fonseca (1741-1773) che accelerò il declino dell'Ordine e gravò pesantemente il popolo con tasse e imposte. Tant'è che nel 1775, dopo una rivolta fallita della popolazione contro i Cavalieri, venne eletto il francese de Rohan (1775-1797), che stabilì un nuovo codice, nuove leggi e statuti per alleggerire la tensione.

Nel 1789 la Rivoluzione francese inferse il colpo finale. Economicamente l'Ordine ormai dipendeva in gran parte dalla Francia, sia per il numero di commanderie che deteneva in terra francese, sia per i legami commerciali che si erano instaurati. Malta era in un certo senso una colonia francese e la politica dell'Ordine era in mano alla corte di Versailles: nel 1792 tutte le commanderie vennero dichiarate bene nazionale. Con una sola mossa l'Ordine perse la metà delle sue entrate.

Bonaparte, intenzionato a conquistare l'Egitto, valutò attentamente la necessità di una testa di ponte nel Mediterraneo per ridimensionare l'influenza della Gran Bretagna. E la solida borghesia maltese, ormai stanca della sovranità dell'Ordine, si illuse di trovare in lui un salvatore. Nel 1798 Napoleone conquistò l'isola, quindi proseguì per la campagna d'Egitto, lasciando a Malta il generale Vaubois con un contingente di 4000 uomini, che spogliarono chiese e palazzi di ogni ricchezza.

Del tesoro dell'Ordine se n'era "occupato personalmente" Napoleone, che si era impossessato di tutto quanto era possibile accumulare a bordo della sua nave, l'Orient, che venne però affondata due mesi dopo nella battaglia del Nilo dal suo acerrimo nemico Orazio Nelson.

Vaubois promulgò alcune nuove leggi anticlericali estremamente impopolari che scatenarono un'insurrezione generale il 2 settembre 1798; i Francesi furono così costretti a ritirarsi a Valletta dove, per ironia della sorte, vennero assediati dagli stessi maltesi per ben due anni, aiutati dalla marina portoghese e in seguito dagli Inglesi, chiamati a Malta dagli stessi maltesi ed esaltati dalla loro vittoria nella battaglia navale del Nilo.

Nel 1801 i Francesi furono costretti alla resa e i Cavalieri tornarono sull'isola grazie al Trattato di Amiens del 1802. Con il trattato di Parigi del 1814, si sancì il definitivo passaggio delle isole maltesi alla Gran Bretagna.

I Cavalieri rimasero a Malta fino al 1834, quando la loro sede si trasferì a Roma.